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지식재산이 국가경쟁력의 핵심 요소로 부상함에 따라, 세계 주요국들은 기업의 연구개발(R&D)을 통한 지식재산(IP) 창출·활용을 활성화하기 위해 조세지원을 확대하는 추세이다. 특히 영국 및 프랑스, 네덜란드, 벨기에, 룩셈부르크, 스위스 등 유럽 주요국은 지식재산 사업화 소득에 대해 조세해택을 부여하는 특허박스 제도 등의 기술혁신활동 관련 조세지원을 적극적으로 확대하고 있다. 기술혁신활동에 대한 적극적 조세지원은 기업들에게 우호적인 경영환경을 조성함으로써 해외기업의 투자를 유치하는 등 국가경쟁력 제고에 기여할 것으로 기대된다. 실제로 2016년 글로벌 제약사인 Glaxo Smith Kline이 특허박스(Patent Box) 세액감면 제도를 도입한 영국에 대규모 투자를 발표한 것은 IP관련 조세지원이 외국기업의 투자 유치에 효과가 있음을 나타낸다.

기술혁신활동을 적극적으로 지원하는 글로벌 추세에도 불구하고 우리나라의 경우 대기업과 중소기업 간의 형평성 및 세원 확보 등의 문제로 R&D와 IP 조세지원의 적용대상과 범위가 한정적으로 적용되고 있다. 이러한 제한적 조세지원은 우리나라의 R&D 투자규모에 비해 질적 성과가 상대적으로 저조한 비효율의 문제와 무관하지 않을 수도 있다. 우리나라의 GDP 대비 산업재산권 출원 비율은 세계 1위인데 비해, 국내 대학·출연연의 연구비 지출 대비 기술료 수입 비율은 2013년 기준 1.36%로 세계 1위인 미국의 1/3 수준에 불과한 실정이다. 본 연구는 이러한 배경 하에서 지식재산활동의 실질적 활성화를 위해 지식재산 관련 조세지원의 국내 현황 및 해외 사례를 소개한다. 혁신활동 활성화를 위한 조세지원의 필요성은 지속적으로 제기되어 왔으나, 혁신활동의 중심에 있는 지식재산활동에 대한 조세지원과 관련해서는 종합적인 연구가 미흡하였다. 특히 조세제도는 사회적 수요를 반영하여 유연하게 대응해야 함에도 불구하고, 현실적으로는 조세제도가 기술 및 경영환경 변화에 따라가지 못한다는 지적을 받고 있다. 이에 본 연구는 혁신활동에 대한 조세지원과 관련하여 국내 현황을 살펴보고 국내 조세제도의 개선 방향을 검토하고자 한다.

본 연구는 지식재산 관련 활동별 조세제도로서 R&D 활동 단계에서의 특허조사·분석 비용 세액공제, IP 창출 단계에서의 특허출원·등록 비용, IP 취득 단계에서의 기술 취득금액 세액공제, IP 활용 단계에서의 기술양도·대여 소득 세액감면, 마지막으로 전 과정에서 발생하는 종업원 등의 직무발명보상금 비과세의 국내 현황을 살펴보았다. 우리나라는 현재 특허조사·분석 비용 세액공제를 명확히 규정하고 있지 않고, 특허출원·등록 비용을 세액공제에서 배제하며, 기술취득금액 세액공제와 기술양도·대여 소득 세액감면도 적용대상 납세자·기술의 범위 및 적용 비율을 제한하고 있다. 또한 현행 규정은 종업원 등의 직무 발명 보상금에 대한 비과세 한도가 매우 낮은 수준이다.

R&D 세액공제 대상과 관련한 규정은 조세특례제한법 제9조 제5항에서 언급하고 있는데, 해당 조항에 따르면 R&D는 과학적·기술적 진전을 위한 활동과 신규 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 활동으로 정의되고, 인력개발은 임·직원을 교육·훈련시키는 활동으로 정의된다. 그러나 본 연구의 주제인 특허조사·분석 비용과 연관된 조항을 면밀히 검토해 보면 실질적으로 특허조사·분석 비용은 명확하게 명시되지 않았다. 현행 규정 하에서 자체적으로 내부인력이 특허조사·분석을 수행하는 경우 내부인력의 인건비 등으로 분류하여 세액공제 혜택을 받을 수 있겠지만, 특허조사·분석 업무를 외부에 위탁할 경우 발생하는 비용을 세액공제 대상으로 포함할 수 있는가는 명확하게 규정되어 있지 않다.

다만 이와 관련해서는 조세특례제한법 제9조 제5항에서 연구개발에 대해 과학·기술적 진전을 위한 활동과 신규 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 활동으로 정의하고 있을 뿐이다. 또한 특허조사·분석 비용을 기술정보비에 적용할 수 있는지의 여부를 살펴보면, 조세특례제한법 시행규칙 제7조 제5항의 정의상 기술정보비는 과학기술분야의 연구원 및 교수, 외국인기술자와 같은 개인에게 지급하는 경우로 한정된다는 점에서 특허조사·분석 비용을 기술정보비에 적용하는 것은 한계가 있다.

이와 같이 우리나라의 경우 특허조사·분석 비용에 관해서는 법규정 자체가 명확하지 않다. 유관 공공기관의 홈페이지도 적격 R&D 활동에 대해 법령중심으로 설명할 뿐, 납세자 입장에서 경험하는 다양한 상황에 대한 질의응답을 위한 프로그램이 제대로 마련되어 있지 않아 납세자와 과세관청 간의 적격 R&D 활동에 대한 정보 공유가 제대로 이루어지지 못하고 있다(김학수 등, 2017). 이러한 법규정의 모호성은 R&D 주체에게 혼란과 부담을 초래하고 특허조사·분석 활동을 적극적으로 수행하는 데 제약요인이 된다.

1982년 최초로 조세감면규제법 제14조에 기술·인력개발비 세액공제를 신설하고 시행령 제14조 별표6에 기술·인력개발비의 범위를 규정하면서, 당시에는 특허출원·등록 비용에 대한 세액공제 적용여부를 규정하지 않았다. 이후 1999년 조세감면규제법을 조세특례제한법으로 개정할 때에도 특허출원·등록 비용에 대한 세액공제 적용여부는 여전히 명시화되지 않았다. 그러나 이러한 법적 모호성으로 인해 세액공제 대상이 아닌 비용에 대해 공제를 받아 사후관리 시 세금을 추징받는 사례가 빈번히 발생하자, 2009년 조세특례제한법 시행령 제8조 제2항에 '특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무'를 R&D 활동의 범위에 포함하지 않는다고 명시하는 규정이 신설되었다. 이러한 개정의 배경에는 R&D의 개념은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동이며 일반적인 관리 및 지원업무는 제외되어야 한다는 논리가 전제되어 있다.

그러나 지식재산 보호의 중요성이 증대되는 글로벌 경영환경 변화에 따라 한국산업기술진흥협회와 전국경제인연합회, 대한상공회의소, 중소기업중앙회, 한국중견기업연합회 등 산업계가 지속적으로 특허출원·등록 비용을 세액공제 대상으로 포함시킬 것을 요구하면서, 2017년 특허청이 건의한 '중소기업의 특허비용 세액공제'에 대한 조세특례 예비타당성평가를 실시하였다. 평가결과 중소기업을 돕는 수단으로 R&D 관련 지원제도가 유용한 정책수단이지만, 세액공제가 실효성을 발휘하게 위해서는 공제율이 건의된 공제율 25%보다 훨씬 높아야 할 것이라는 의견이 제시되어 해당 세액공제는 도입되지 못했다. 다만 전문가 집단의 AHP 설문분석에 기초하므로, 설문응답 결과 간 편차의 크기 등을 고려하여 결과해석에 신중할 필요가 있다(한국조세재정연구원, 2017).

기술이 복잡해지고, 진부화 속도가 빨라지면서 기업의 기술취득은 불가피하나, 자체 R&D를 수행하지 않고 기술취득을 하더라도 비용 부담은 여전히 존재한다. 이에 우리나라는 기술취득을 활성화하기 위해 재정적으로 취약하여 기술취득 비용이 부담되는 중소기업이나 중소기업의 기술에 한정하여 세액공제를 허용하고 있다. 현행 조세특례제한법 제12조 제2항에 따르면, 중소기업이 기술을 취득하는 경우에는 취득금액의 10%를 세액공제하고, 중견·대기업이 중소기업의 기술을 취득하는 경우에는 취득금액의 5%를 세액공제하고 있다. 다만 세액공제금액은 법인세의 10%를 한도로 한다.

그러나 기술취득은 개발기간 단축을 위한 선택이지만 동일한 결과물을 창출하기 위해 자체 R&D를 수행했더라면 25%라는 높은 R&D 세액공제를 받을 수 있는 현행법을 고려할 때, 조세측면에서의 기회비용이 높고 형평성과 실효성이 낮은 조세지원이라 할 수 있다. 또한 기술취득금액에 대한 세액공제는 공제비율 및 거래기업 간의 관계, 공제대상 기업, 공제대상 기술 등의 세부사항에 대해 빈번한 개정이 이루어짐에 따라, 일관된 조세지원 정책으로 기능하지 못하고 오래된 역사에 비해 조세지원 실적은 여전히 미미한 실정이다.

우리나라의 기술양도·대여 소득 세액감면은 본격적으로 민간주도의 기술개발 활성화를 추진했던 1982년에 R&D 투자 조세지원 제도와 함께 도입되어, 비교적 이른 시기부터 기술이전 활성화 정책을 강조했다고 볼 수 있다. 이에 따라 R&D 자체뿐 아니라, R&D의 결과물인 기술의 이전을 통해 발생된 소득에 대해서도 조세혜택이 부여되었다. 그러나 기술이전에 대한 조세지원의 혜택이 대기업에 편중되고 R&D 투자세액공제에 더하여 R&D의 성과에 대해 사실상 보조금처럼 제공된다는 비판이 제기되면서, 기술양도 및 대여 소득에 대한 조세지원은 2006년부터 폐지되었다.

이후 지식재산이 기업의 핵심 경쟁력으로 급부상하면서 재계는 2013년 대한상공회의소의 '정부에 바라는 기업현장 애로 100선 건의'를 통해 IP 조세지원의 도입을 주장하였다. 국제적으로도 IP 활성화를 통한 국가 경쟁력 확보를 위해 특허박스를 도입하는 추세로서, 우리나라에서도 기술이전 과세특례의 재도입을 검토하는 계기가 되었다. 2014년 핵심기술 사업화 및 기술이전 활성화를 통해 기술 역량을 강화하고자 중소기업을 대상으로 특허권 등의 양도소득에 대한 세액감면제도를 재도입하였으며, 2015년에는 동 제도를 중견기업까지 확대하여 적용하고 추가적으로 중소기업에 한하여 세액감면 대상 소득을 특허권 등의 대여소득까지 확대하였다.

그러나 조세혜택의 대기업 편중에 대한 우려에 따라 중소기업만을 대상으로 한정적으로 감면혜택을 적용한 결과, 제도 도입 후 3년이 지난 2016년 시점에도 기술이전소득 세액감면의 규모는 2억 원에 불과하여 동 제도의 실효성을 제고할 필요가 있다는 주장이 제기되고 있다. 우리나라의 현행 R&D 관련 조세지원 제도는 R&D 활동에 본질적으로 내재된 위험을 정부차원에서 공유(risk sharing)하여 기업의 R&D 투자를 촉진하기 위해 R&D 투자 조세지원에 초점을 두고 있다. 이러한 정책은 그 동안 R&D 활동의 양적 증가에는 기여해 왔으나 R&D의 효율성 등 R&D 활동의 질적 성장에서는 제한적 성과를 보여 왔다.

2016년 개정에서 처음 비과세 대상 소득으로 포함된 실시 및 처분보상은, 전체 해당기업의 건당 실시 및 처분보상금이 최근 급격하게 상향되고 있는 경향이므로, 현행 소득세법 시행령의 비과세 한도인 300만 원은 직무발명의 의지를 경감시킬 우려가 발생할 여지가 있다. 실시 및 처분 보상금액은 우량특허로서의 가치를 나타내므로, 해당 보상금을 많이 수령한 발명자에게 비과세 한도를 제한하는 것은 우량 특허의 창출을 촉진하는 요인으로 원활히 작동하지 못할 우려가 제기되고 있는 것이다. 또한 중소·중견기업의 건당 실시 및 처분보상금에 대한 비과세 범위의 축소는 중소·중견기업의 성장 원동력이 될 우량특허의 창출에 대한 의욕이 저하될 우려가 있다.

2018년 7월, 기획재정4부에서 소득세법시행령을 발표하여 2019년 1월 1일부터 비과세되는 직무발명보상금을 500만 원으로 상향조정하였으나, 이는 기업 등에서 요구하는 것과는 차이가 커 확대할 필요가 있다. 특히 벤처 및 중소기업은 성과평가나 승진 등의 인사고과 체계의 미비로 임직원의 직무발명을 통한 기여활동을 인사고과에 반영하지 못하여 비금전적 보상을 받을 수 없기 때문에, 직무발명보상금이 유일한 인센티브가 된다는 점에서도 직무발명보상금에 대한 비과세 한도를 확대할 필요가 있다.

국내기술혁신활동의 활성화를 위한 세제 중 특허조사·분석 비용에 관해서는 법규정 자체가 명확하게 되어 있지 않다. 나아가 유관 공공기관의 홈페이지도 적격 R&D 활동에 대해 법령중심으로 설명할 뿐, 납세자 입장에서 경험하는 다양한 상황에 대한 질의응답 프로그램이 제대로 마련되어 있지 않다. 따라서 납세자와 과세관청 간의 적격 R&D 활동에 대한 정보가 제대로 공유되지 못하는 문제점이 존재한다. 이러한 법규정의 모호성은 R&D 주체에게 혼란과 부담을 초래하고 특허조사·분석 활동을 적극적으로 수행하는데 장애요소로 작용할 수 있다.

특허출원 및 등록 비용에 대해서는 지식재산 보호의 중요성이 증대되는 글로벌 경영환경 변화에 따라 산업계가 지속적으로 특허출원·등록 비용을 세액공제 대상으로 포함시킬 것을 요구하고 있다. 이에 2017년 특허청이 건의한 '중소기업의 특허비용 세액공제'에 대한 조세특례 예비타당성평가를 실시되었지만 세액공제는 도입되지 못하였다. 그러나 이에 대한 논의가 계속되고 있으며 특허출원 및 등록 비용에 대한 세액공제 포함 문제는 중소기업의 산업재산권 출원 및 등록의 활성화를 위해서는 반드시 필요한 제도로 인식되고 있다.

기술취득금액에 대한 세액공제는 공제비율 및 거래기업 간의 관계, 공제대상 기업, 공제대상 기술 등의 세부사항에 대해 빈번한 개정으로 인해 일관된 조세지원정책으로 기능하지 못하고 조세지원 실적은 여전히 미미한 실정이다. 기술양도 및 대여 소득 세제에 대해서는 조세혜택이 대기업에 편중된다는 우려에 따라 중소기업만을 대상으로 제한적으로 감면혜택을 적용하였다. 그러나 제도 도입 후 3년이 지난 2016년 시점에도 기술이전 소득 세액감면의 규모는 2억 원에 불과하여 동 제도의 개선을 요구하는 주장이 제기되고 있다. 그러나 산업재산권을 취득·보유하고 있는 중소기업의 수는 많지 않으며, 산업재산권을 취득·보유하고 있는 중소기업의 경우에는 산업재산권의 양도보다는 산업재산권을 활용한 산업생산을 장려해야 할 것이다. 따라서 중소기업이 취득·보유하고 있는 산업재산권의 이전에 따른 양도소득 감면은 실효성을 얻을 수 없으며, 중소기업의 창업 활성화 정책과도 배치된다.

기술양도 및 대여 소득에 대한 조세감면 제도가 실효성을 갖기 위해서는 중소기업이 취득·보유하고 있는 산업재산권의 양도에 대한 기술이전 소득의 50% 감면 규정은 중견기업 또는 대기업 등에게도 확대·적용되어야 할 것이다. 직무발명보상금에 대해서는 2016년 소득세법 개정에 의해 비과세 한도가 연간 300만 원 한도로 축소되어 직무발명에 대한 의욕이 저하될 수 있다는 비판이 제기되고 있다. 벤처 및 중소기업은 성과평가나 승진 등의 인사고과 체계의 미비로 임직원의 직무발명을 통한 기여활동을 인사고과에 반영하지 못하여 비금전적 보상을 받을 수 없기 때문에 직무발명보상금이 유일한 인센티브가 된다는 점에서도 직무발명보상금에 대한 비과세 한도를 확대할 필요가 있다.

우리나라의 현행 R&D 관련 조세지원 제도는 R&D 활동에 본질적으로 내재된 위험을 정부차원에서 공유(risk sharing)함으로써 기업의 R&D 투자를 촉진하는 조세지원에 초점을 두고 있다. 기술혁신활동의 활성화를 위해서는 다양한 세제지원이 검토되어야 하고, 특히 중소기업 등의 기술혁신활동 활성화를 위해서는 세제지원의 폭을 넓히고 그에 대한 관리감독 기능을 강화해야 할 것이다.