생물다양성협약은 생물다양성 보전과 구성요소의 지속가능한 이용, 그리고 유전자원의 이용으로부터 발생하는 이익을 공정하고 공평하게 공유할 목적으로 하고 있다. 이러한 생물다양성협약의 목적을 달성하기 위해 각 국가는 다양한 방법으로 관련 정책을 개발·이행하고 있다. 특히, 국제사회는 생물다양성협약의 세 번째 목표를 달성하기 위해 2010년 유전자원에 대한 접근 및 그 이용으로부터 발생하는 이익을 공정하고 공평하게 공유하기 위해 생물다양성에 관한 협약 ‘나고야의정서’를 채택하였다. 나고야의정서는 유전자원 접근 및 이익 공유 절차를 구체적으로 규정함으로써 생물다양성 보전과 지속가능한 이용을 위한 가장 효율적인 방법을 제시한다는 데에 의의가 있다.

나고야의정서는 의정서 범위에 속하는 모든 형태의 유전자원에 대한 접근을 규제하고 있다. 이는 유전자원이 소재하고 있는 국가 또는 유전자원의 확립된 권리를 보유하고 있는 토착지역공동체에게 소유권이 있다는 의미를 포함하고 있다. 즉 나고야의정서는 국가나 토착지역공동체가 유전자원에 대해 가지는 주권 또는 주권적 권리는 물론 유전자원의 이용에 대해서도 대세적인 결정권을 보유하고 있음을 확고히 한다.

하지만 나고야의정서에 따른 접근 및 이익 공유체제는 전통적인 지식재산권 체계와 조화를 이루는데 어려움을 겪고 있다. 전통적인 지식재산권 체계에서는 유전자원을 이용한 발명 등을 산업사회에 공개하는 대가로 기술을 개발한 사람에게 ‘특허’와 같은 배타적이고 독점적인 권리를 인정하게 된다. 그런데, 나고야의정서는 유전자원을 이용하는 사람이 아닌 유전자원을 보전해온 국가나 토착지역공동체에게 권리를 부여한다는 점에서 서로 다른 접근법을 추구하고 있다.

이에 2014년 2월에 열렸던 제26차 세계지식재산권기구(WIPO) 정부간위원회(IGC) 회의에서는 발명에 이용된 유전자원 및 관련 전통지식의 출처를 공개하는 것을 의무화하는 조항에 대해 개도국과 선진국 간에 격렬한 논쟁이 있었다. 개도국은 이 조항이 생물해적행위를 방지하기 위한 필수조건이라 주장하고, 선진국과 산업계는 산업계의 혁신을 저해하는 요소로서, 특허청 및 특허출원인에게 큰 부담을 주는 조항이라고 반박했다.

개도국과 선진국 간 오랜 대립에도 불구하고 WIPO는 지식재산권체계와 생물다양성협약 및 나고야의정서 ABS 체제를 조화시키기 위해 지속적으로 작업을 진행하고 있다. 2017년에는 선행기술로서의 전통지식을 문서화하여 이용자가 ABS 의무를 준수하는데 도움이 되도록 ‘전통지식 문서화 도구’(Documenting Traditional Knowledge – A Toolkit)을 발간하기도 했다. 이러한 WIPO의 노력은 유전자원 보전 및 전통지식 보호, 이를 기반으로 살아가는 토착민의 권리를 보호하기 위한 생물다양성협약 및 나고야의정서와 상호보완적인 관계를 형성하려는 것을 목적으로 하고 있다. 여전히 논의 중에 있지만, 지식재산과 ABS를 조화시키는 새로운 국제문서의 채택 논의에 많은 관심을 갖고 동향을 파악하는 것이 매우 중요하다.